多糖源于植物纖維素、半纖維素聚集體，是腐植酸前體物木質素的伴生物。木質素包圍著纖維素、半纖維素，以增強植物組織的機械強度。木質素具有芳香結構特征，是以苯基丙烷為基本骨架（單元）構成的三維空間聚合體。木質素也含有酚羥基、羰基、甲氧基等活性基團，在植物纖維降解過程中，部分木質素會氧化成腐植酸，而在泥炭沼澤中微生物的作用下，木質素也會縮合形成更大的分子。

由纖維素、半纖維素和木質素構成的植物細胞壁結構組成見表：植物細胞壁中纖維素、半纖維素和木質素的結構組成

纖維素葡聚糖（C6H10O5）n在生物質降解過程中由高聚糖變成低聚糖，或者二糖、單糖結構。如纖維素降解生成的葡萄糖單糖的分子式為C6H10O5。半纖維素（C5H8O4）n是戊聚糖（木聚糖、阿拉伯聚糖）、糖醛酸（葡糖醛酸、半乳糖醛酸）等的總稱。在植物死亡后容易在各種細菌的作用下分解，參與礦源腐植酸的形成。

多糖結構在天然腐植酸中數泥炭腐植酸的含量高，生物質制生化腐植酸的過程中占的比例較天然煤炭腐植酸更高些。近年，匈牙利Vucskits和美國Vetvicka等發表的論文中涉及了黃腐酸對內分泌造成的甲狀腺慢性病有藥效，也從側面提醒腐植酸成藥中不一定要排斥糖苷，這對擴大藥用級腐植酸的資源是非常有利的。

內蒙古腐植酸鈉經過多年的經驗發現在通常情況下，生物質原料在分離脫除多糖后，以木質素為原料，將其羰基、甲氧基，甚至次甲基等氧化成羧基，該氧化腐植酸的結構性能很接近天然礦源腐植酸，也容易進一步形成高端的合成腐植酸。